1 深海鱼类比较基因组学和环境适应机理
对深渊生物开展大规模的资源调查、分类学研究和科学数据库建立；使用DNA条形码对深渊生物开展生物多样性的评估。系统发育和生物地理学分析探索深海生物之间以及与浅海生物的演化关系；通过稳定同位素示踪研究深渊食物链和食物网的结构和功能；通过基因组、转录组测序和分析技术，结合代谢组和蛋白质组学，对深渊的特有物种开展极端环境适应的分子机理的分析；首次使用同步辐射和CT扫描技术对深渊狮子鱼和沟虾开展形态学研究，探索形态变化与深渊适应的关系。
2 深海生物多样性及形成机制的研究
从深渊生物多样性的格局、形成过程和机理三个层次开展研究。基于比较基因组学方法探讨深渊生物起源与演化的过程、揭示影响深渊生物群体遗传结构和分布模式的内外因子；通过功能基因组分析及研究，寻找更多宏观生物包括狮子鱼、端足类沟虾等对深渊环境适应的分子机理以及深渊宏生物和共生微生物建立和维持共生关系的分子机制；通过追踪马里亚纳海沟大型生物中富集沉积物及生物体的碳源，了解深海海沟生物的生活环境特性；获得大量全面的深海宏观生物的标本，构建特定基因品系的模式动物。
研究团队
何舜平,博士、研究员、博士导师, 深海鱼类物种与基因组多样性研究组学科带头人(clad@idsse.ac.cn)
主要从事鱼类系统发育、分子进化和生物地理学研究工作。对青藏高原和东亚特有鱼类的起源、系统发育和适应性演化及生物多样性历史重建开展了大量和深入的研究。研究确立了基于自然分类的鲤科系统，澄清了传统人为分类对鲤科亚科的划分以及对亚科间关系的解释；发现了青藏高原及其东部区域分布的单系的鰋鮡鱼类生物地理学过程与青藏高原东部的水系变迁相一致，其主要类群的分化时间与青藏高原阶段隆升的假说相一致；还发现了青藏高原冰川湖泊中两种裸鲤的同域物种分化现象，为验证同域物种形成理论找到了新的分子证据。通过对东亚淡水鱼类重要类群系统发育关系的重建及其生物地理学格局和物种形成分子生态学机制的揭示，为理解东亚地区复杂的环境条件与淡水鱼类物种分化之间的相互关系提供了重要分子证据，也为认识东亚淡水鱼类生物多样性历史提供了新的观点。近年来,结合我国深渊科学考察，对深海及深渊鱼类，如深渊特有的狮子鱼进行了深入的研究。从分子、细胞和整体结构上发现了狮子鱼适应环境的分子机理;对其基因组的高精度的分析表明了其进化和适应的过程。
在鱼类系统发育、分子进化和生物地理学研究方面有重要贡献。其研究成果《脊椎动物从水生到陆生演化的遗传创新机制》入选2021年度“中国生命科学十大进展”。在Cell, Nature Ecology and Evolution, Molecular Biology and Evolution, Molecular Ecology, Sci China Life Sci, Molecular Ecology Resource, Genome Biology and Evolution, Molecular Phylogenetic and Evolution, Plos One, BMC Evolutionary Biology, BMC Genomics, JEZ, DCI等领域前沿的刊物上发表论文200余篇。担任中国动物志、生物多样性杂志、四川动物杂志以及Scientific Reports杂志编委。
客座研究员：王堃
博士生:武宝生,入学时间2018年9月
博士生:徐涵,入学时间2019年9月
博士生:薄晶,入学时间2018年9月
博士生:方文宇.入学时间2022年9月
博士生:艾耕.入学时间2023年9月
硕士生:陈洁,入学时间2019年9月
承担的科研项目
2021 中科院先导B项目：印太交汇区深海鱼类多样性格局、过程和机理的研究
2019 国家其他任务：深海生物压力适应机制解析与融合体材料设计制造技术
2018 国家自然科学基金面上项目: 深渊鱼类的起源演化及其环境适应的分子机制
2018 国家重点研发计划项目课题: 深渊宏观生物生命过程、环境适应与生命演化过程
学科组近年来发表的主要学术论文
1. Xupeng Bi, Kun Wang, Liandong Yang, Hailin Pan, Haifeng Jiang, Qiwei Wei, Miaoquan Fang, Hao Yu, Chenglong Zhu, Yiran Cai, Yuming He, Xiaoni Gan, Honghui Zeng, Daqi Yu, Youan Zhu, Huifeng Jiang, Qiang Qiu, Huanming Yang, Yong E. Zhang, Wen Wang, Min Zhu, Shunping He, Guojie Zhang, Tracing the genetic footprints of vertebrate landing in non-teleost ray-finned fishes. Cell 2021, 184(5):1377-1391.
2. Kun Wang, Jun Wang, Chenglong Zhu, Liandong Yang, Yandong Ren, Jue Ruan, Guangyi Fan, Jiang Hu, Wenjie Xu, Xupeng Bi, Youan Zhu, Yue Song, Huatao Chen, Tiantian Ma, Ruoping Zhao, Haifeng Jiang, Bin Zhang, Chenguang Feng, Yuan Yuan, Xiaoni Gan, Yongxin Li, Honghui Zeng, Qun Liu, Yaolei Zhang, Feng Shao, Shijie Hao, He Zhang, Xun Xu, Xin Liu, Depeng Wang, Min Zhu, Guojie Zhang, Wenming Zhao, Qiang Qiu, Shunping He, Wen Wang, African lungfish genome sheds light on the vertebrate water-to-land transition. Cell 2021, 184(5):1362-1376.
3. Wang K, Shen Y, Yang Y, Gan X, Liu G, Hu K, Li Y, Gao Z, Zhu L, Yan G et al: Morphology and genome of a snailfish from the Mariana Trench provide insights into deep-sea adaptation. Nature ecology & evolution 2019, 3(5):823-833.
4. Baosheng Wu, Chenguang Feng, Chenglong Zhu, Wenjie Xu, Yuan Yuan, Mingliang Hu, Ke Yuan, Yongxin Li, Yandong Ren, Yang Zhou, Haifeng Jiang, Qiang Qiu, Wen Wang, Shunping He, Kun Wang, The Genomes of Two Billfishes Provide Insights into the Evolution of Endothermy in Teleosts. Mlecular Biology and Evolution 2021, 38(6):2413–2427.
5. Chen J, Zeng H, Lv W, Sun N, Wang C, Xu W, Hu M, Gan X, He L, He S, Fang C. Pseudo-chromosome-length genome assembly for a deep-sea eel Ilyophis brunneus sheds light on the deep-sea adaptation. Sci China Life Sci 2023, 66(6):1379-1391.
6. Shen YJ, Dai W, Gao ZM, Yan GY, Gan XN, He SP: Molecular phylogeny and divergence time estimates using the mitochondrial genome for the hadal snailfish from the Mariana trench. Sci Bull 2017, 62(16):1106-1108.
7. Wang Y, Shen Y, Feng C, Zhao K, Song Z, Zhang Y, Yang L, He S: Mitogenomic perspectives on the origin of Tibetan loaches and their adaptation to high altitude. Scientific reports 2016, 6:29690.
8. Shen Y, Kou Q, Zhong Z, Li X, He L, He S, Gan X: The first complete mitogenome of the South China deep-sea giant isopod Bathynomus sp. (Crustacea: Isopoda: Cirolanidae) allows insights into the early mitogenomic evolution of isopods. Ecology and evolution 2017, 7(6):1869-1881.
9. Jiang H, Du K, Gan X, Yang L, He S: Massive Loss of Olfactory Receptors But Not Trace Amine-Associated Receptors in the World's Deepest-Living Fish (Pseudoliparis swirei). Genes (Basel) 2019, 10(11).
10. Chen J, Yang L, Zhang R, Uebbing S, Zhang C, Jiang H, Lei Y, Lv W, Tian F, Zhao Ket al: Transcriptome-Wide Patterns of the Genetic and Expression Variations in Two Sympatric Schizothoracine Fishes in a Tibetan Plateau Glacier Lake. Genome Biology and Evolution2020, 12(1):3725-3737.
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