根据研究所各项工作的要求，承担研究所公共事务管理等各项职责。目前，设有办公室/党委办公室、人事教育处、科学技术处、合作发展处、基本建设与条件保障处、资产财务处、监督审计办公室/纪委办公室、崖州湾科技城园区协管部、深远海科学快速响应协调中心和文献信息中心。