海洋科学研究在于揭示海洋现象及其基本运动规律。中国科学院深海科学与工程研究所将依靠深海工程技术与装备、实验平台和基础设施，结合所处的区位优势，开展相关深海科学问题研究，以科学问题引领技术创新，以技术提升带动科学研究深入发展。

　　作为中国科学院在海洋科学与技术领域的总体单位，深海所不仅开展与深海有关的科学问题研究，同时以深海观测方法与仪器设备、深海潜器技术、海洋资源开发与利用为主要研究方向，重点发展与海洋科学研究、深海开发结合密切的深海工程技术与装备，从装备、条件和设施上支撑开展深海科学和海洋工程的研究。